Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences

oxythan a écrit:ça a pas tergiversé longtemps.

https://twitter.com/vonderleyen/status/1464132568333398018

Il y a un cas en Belgique, d'une personne qui n'est jamais passée dans les pays ciblés.
Idem un cas à Hong-Kong.

Ça circule déjà. Je suis pas certain que ça serve à grand chose de suspendre les vols.

Maintenant, il reste juste à serrer les fesses, à espérer que les observations statistiques faites sur de petits échantillons (rappelons que l'Afrique du Sud a un niveau de circulation assez bas, et que ça redémarre à peine) ne sont pas représentatives, qu'il n'est pas si méchant que ça, et que les vaccins ARN restent relativement efficaces.

Ensuite, si ce nouveau variant est vraiment une saloperie, les vaccins ARN devraient pouvoir être adaptés. Pfizer table sur 100 jours, en comptant je pense les autorisations administratives requises. 100 jours, c'est peu et beaucoup à la fois. En pleine vague épidémique, une période sans protection ou avec une mauvaise protection, ça laisse le temps de faire des dégâts.

Mais moralement, c'est dur. Je pensais vraiment que le plus dur était derrière nous, qu'on ne trouverait pas pire que le variant Delta. Or, là, on se demande vraiment quand on verra le bout du tunnel, ou même si le tunnel a un bout.

Autre mauvaise nouvelle, la pilule de Merck (le molnupiravir), mise sur le marché dans les prochains jours, et qui, administrée après les premiers symptômes, sert à prévenir les cas graves, semble finalement moyennement efficace.

On tablait sur 50% d'efficacité contre les risques d'hospitalisation. C'est finalement 30%. C'est mieux que rien, mais pas beaucoup plus que certains médicaments déjà utilisés.

Selon les chiffres communiqués par l’entreprise, 9,7% des 700 personnes dans le groupe placebo ont été hospitalisées, contre 6,8% dans le groupe traité avec la pilule Lagevrio.
https://www.huffingtonpost.fr/entry/molnupiravir-pilule-anti-covid-merck-moins-efficace-que-prevu_fr_61a0f2fde4b0f398af123395

Le nouveau variant a un nom : "Omicron".

Pour ceux qui veulent les cas détaillés en AS
https://www.nicd.ac.za/latest-confirmed-cases-of-covid-19-in-south-africa-26-november-2021/
C'est dans la province de Gauteng que le nouveau variant a été identifié.

L'un des problemes selon moi est que puisqu'on ne fait plus trop de test PCR pour diverses raisons, on perd forcement en capacite de sequencage et donc de detection de variants.
Cependant une question importante est a resoudre, si ce variant accumule autant de mutation, est-ce que les tests antigeniques et PCR sont toujours adaptes ou faudra-t-il les mettre a jour?

Satoru a écrit:

Mais moralement, c'est dur. Je pensais vraiment que le plus dur était derrière nous, qu'on ne trouverait pas pire que le variant Delta. Or, là, on se demande vraiment quand on verra le bout du tunnel, ou même si le tunnel a un bout.

Ouais, j'avoue être un peu miné ce soir face à ce que je lis... j'espère vraiment que ça va rester sous contrôle

Zelkin a écrit:

Satoru a écrit:

Mais moralement, c'est dur. Je pensais vraiment que le plus dur était derrière nous, qu'on ne trouverait pas pire que le variant Delta. Or, là, on se demande vraiment quand on verra le bout du tunnel, ou même si le tunnel a un bout.

Ouais, j'avoue être un peu miné ce soir face à ce que je lis... j'espère vraiment que ça va rester sous contrôle

Attendons déjà de voir si ce variant pose vraiment un problème. On est fort alarmiste directement. On devrait rapidement y voir plus clair (mais, espérons, pas trop vite, sinon c'est mauvais signe).

Satoru a écrit:

oxythan a écrit:ça a pas tergiversé longtemps.

https://twitter.com/vonderleyen/status/1464132568333398018

Il y a un cas en Belgique, d'une personne qui n'est jamais passée dans les pays ciblés.
Idem un cas à Hong-Kong.

En plus, pour le cas en Belgique, les symptomes sont apparus 11 jours apres son arrivée en Belgique. A-t-elle vraiment été contaminée à l'étranger ?

Le problème est pourtant assez "simple". Plus le virus se multiplie et plus il y aura des risques de mutation.
On sait qu'il existe des variants plus mortels que le delta, par exemple le variant beta sud Africain est plus mortel. A l'inverse, le variant delta, lui, se multiplie extrêmement vite.
Donc l'équation d'avoir un variant qui cumul la sévérité du beta avec la capacité de multiplication du delta est une chose en soit possible. Ca ne veut pas dire que ça sera le cas pour ce nouveau variant, attention.

Mais voilà, pour moi ceci n'est pas vraiment une surprise. Et outre le variant en soi, il serait peut être également bon de se poser la question de son origine. Car le fait qu'on retrouve déjà deux variants majeurs en Afrique sous entend fortement que le virus s'y multiplierait bien plus rapidement que ce que les chiffres officiels laissent croire.

FFFF a écrit:..

Mais voilà, pour moi ceci n'est pas vraiment une surprise. Et outre le variant en soi, il serait peut être également bon de se poser la question de son origine. Car le fait qu'on retrouve déjà deux variants majeurs en Afrique sous entend fortement que le virus s'y multiplierait bien plus rapidement que ce que les chiffres officiels laissent croire.

l'AS est un pays qui compte un nombre record d'immunodéprimés, avec ses plus de 5 millions de malades du SIDA. ça ne dois pas aider.

FFFF a écrit:L'un des problemes selon moi est que puisqu'on ne fait plus trop de test PCR pour diverses raisons, on perd forcement en capacite de sequencage et donc de detection de variants.
Cependant une question importante est a resoudre, si ce variant accumule autant  de mutation, est-ce que les tests antigeniques et PCR sont toujours adaptes ou faudra-t-il les mettre a jour?

Ici, dans le dernier paragraphe, ils indiquent que les tests PCR restent efficaces :
https://www.nicd.ac.za/frequently-asked-questions-for-the-b-1-1-529-mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/

Danke

Dans les mauvaises nouvelles, il est probable que ce variant diminue sensiblement l'efficacité des traitements à base d'anticorps de synthèse.

Moderna vient d'annoncer qu'ils préparent un booster spécifique pour le variant Omicron.

https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-announces-strategy-address-omicron-b11529-sars-cov-2

(Mais ils vont aussi tester avec un booster du vaccin actuel).

Pfizer annoncé qu'ils donneront leur verdict sur l'efficacité de leur vaccin dans maximum 2 semaines.

Contrairement à la vague précédente, en France c'est les 0-9 et 30-39 qui ont la plus grosse incidence en ce moment.
Donc en gros les gosses au primaire.. et leurs parents.



Source : https://germain-forestier.info/covid/incid/France-heatmap-incid-semaine.png

Je vous conseille cet article sur le variant Omicron.
Notamment sur la partie qui répertorie les mutations
https://yourlocalepidemiologist.substack.com/p/new-concerning-variant-b11529

La personne qui l'a écrit :
https://twitter.com/dr_kkjetelina

Les infographies

Satoru a écrit:..

Il y a un cas en Belgique, d'une personne qui n'est jamais passée dans les pays ciblés...

Une analyse sur des tests PCR réalisé en Belgique depuis un mois, montre que 47 échantillons (surtout sur la dernière semaine) contiennent à la fois une mutation spécifique à ce variant et une charge virale élevée.
Donc très probable que ça circule déjà, comme on pouvais le craindre.
Par contre, ça ne peut pas être relié à la flambée de cas actuelle, ils sont encore en quantité insignifiante par rapport aux autres positifs.

Bilan de la semaine



J'espère que vous vous en souvenez lorsque, dès l'été, je disais que bien que le vaccin soit efficace, si on augmente la circulation du virus par un facteur 10, on risque bien de se retrouver avec des niveaux de contaminations sans précédents et un niveau de mortalité aussi haut que les pics précédents.
C'est exactement ce qui est entrain de se passer en Belgique et en Allemagne. L'Allemagne a compté 75K contaminations !! C'est tout de même du jamais vu et il y a un sérieux risque pour que ça augmente à 80K-90K et le nombre de mort a simplement dépassé le pic de la première vague. Pour la Belgique, si on remet à l'échelle de la France, c'est du 140K qu'on a eu durant la semaine !

Hélas on ne peut pas vraiment invoqué la surprise et l'inattendu. Il n'y a qu'à regarder vers la Lituanie, pays relativement bien vacciné. Le pays a connu une vague depuis la fin septembre qui a atteint son maximum le 1er novembre à des niveau de 67K et 800 morts à l'échelle française. Ceci ne montre pas où on pourrait aller car le pays est trop petit pour être représentatif mais montre qu'il faut voir la situation actuelle comme une balance : D'un côté on a nos mesures sanitaires et de l'autre nos activité sociales. On a mis en place les vaccins et on a retiré la plupart de nos mesures sanitaires alors que de l'autre on a largement augmenté l'activité sociale à un niveau très proche du niveau d'avant crise. Donc le vaccin à lui seul ne peut pas contrebalancer totalement la situation.
Or, et ça fait écho à une crainte que j'ai depuis le début, plus il y a de circulation du virus et plus il y a de risques de nouveau variants.
ENfin, ceci est à voir à l'échelle mondial.

Pour les autres pays, ils suivent leur évolution. Je pense que les chiffres US sont affectés par Thanksgiving.

Concernant le nouveau variant. Ce qui me surprend c'est le niveau de mutation qu'il a accumulé. Normalement un virus fonctionne par "tentatives". A savoir une mutation se produit, elle est testée, souvent elle est inefficace et donc entraîne la mort du variant, et parfois efficace et donc gardée. Donc un virus mute petit à petit.
Ceci est toujours vrai, ce qui soulignerait qu'il y aurait probablement pas mal de variants intermédiaires présent.

Hélas, il y a une autre équation qui se vérifie souvent. Entre l'apparition des nouveaux cas et un nouveau pic, il se passe entre 2 et 4 mois. Donc si ce variant est bien plus contagieux en plus d'échapper aux défenses immunitaires actuelles, il faudra s'attendre à un pic autour de Février en plus de la phase actuelle qui devrait atteindre son maximum fin durant le mois de décembre...

FFFF, sur le lien d'oxy ( https://yourlocalepidemiologist.substack.com/p/new-concerning-variant-b11529 ), la personne évoque justement deux scenarios pour expliquer le nombre élevé de mutations (plein de mutations en une fois, ou l'accomplissement de plusieurs mutuation dans le temps):

B.1.1.529 has 32 mutations on the spike protein alone. This is an insane amount of change. As a comparison, Delta had 9 changes on the spike protein. We know that B.1.1.529 is not a “Delta plus” variant. The figure below shows a really long line, with no previous Delta ancestors. So this likely means it mutated over time in one, likely immunocompromised, individual

Quelqu'un a une idée pourquoi la notion d'immunodéprimé intervient ici pour expliquer le grand nombre de mutations ?

J'avais écris ça initialement mais je l'ai supprimé car c'était un peu spéculatif.

En gros chez les immunodéprimés le virus de multiplie bien plus, la charge virale est bien plus importante donc le risque d'avoir des formes mutés est lui aussi plus important. De plus, du fait de la faiblesse immunitaire, des variants qui ne seraient pas assez avantageux pour survivre chez une personne immunocompetente peut survivre chez une personne immunodéprimée. Le risque étant qu'ils deviennent donc un incubateur où différents variants peuvent s'associer.

Docky a écrit:

oxythan a écrit:Je me tâte pour aller faire la 3e dose dès samedi..
Bien envie de tester le pfizer pour changer

Oxy qui nous parle du vaccin comme d'un fast food.
"Bien envie de faire un Burger King, pour changer du McDo".

Bon voila.
Pfizerisé ce coup ci.
ça fait toujours pas mal quand on pique.
Par contre, quelques minutes plus tard ça démange au point d'injection, probablement à cause de l'immunité déjà installé par les 2 premières doses.

J'ai fais un peu d'Excel.


Ce qui m'enchante pas des masses c'est de faire des calculs sur aussi peu de cas et sur une si petite durée. On est sur des échelles ou un cluster massif peut tout chambouler, mais bon, les autorités Sud Africaines n'ont pas communiqué sur cette possibilité.

Sur les 7 derniers jours on a un Reff de 4.5, mais je viens de voir que si je prend les datas de la semaine précédente, c'est du 4.6.
Pas très rassurant de voir un Reff se maintenir de façon stable sur 2 semaines, ça éloigne les hypothèses d'artefacts statistique.

Au moins 13 passagers du vol AS-Amsterdam ont le variant Omicron. Il est probablement déjà bien parsemé sur tout le Continent

Bon c'est maintenant full jusqu'au 6 janvier dans le centre de vaccination le plus proche. Avant hier j'ai réussi a caser un rendez-vous pour mon fils le 23 décembre.

Date - Nbre de cas (Nbre de cas à J-7) [Evolution / J-7]=> Evolution de la moyenne => Nouvelle moyenne {Evolution / J-7}

29 octobre : 6433 (6366) [1%] => 10 => 5517 {13%}
30 octobre : 7360 (6291) [17%] => 153 => 5669 {11%}
31 octobre : 6329 (5005) [26%] => 189 => 5858 {11%}
1er novembre : 1866 (1295) [44%] => 82 => 5940 {12%}
2 novembre : 2039 (6603) [-69%] => -652 => 6288 {-2%}
3 novembre : 10050 (6528) [54%] => 503 => 5791 {6%}
4 novembre : 9502 (6461) [47%] => 434 => 6226 {13%}
5 novembre : 8998 (6433) [40%] => 366 => 6592 {21%}
6 novembre : 9605 (7360) [31%] => 321 => 6913 {26%}
7 novembre : 8547 (6329) [35%] => 317 => 7320 {29%}
8 novembre : 2197 (1866) [18%] => 47 => 7626 {28%}
9 novembre : 12476 (2039) [512%] => 1491 => 9117 {72%}
10 novembre : 11883 (10050) [18%] => 262 => 9379 {62%}
11 novembre : 12603 (9502) [33%] => 443 => 9822 {58%}
12 novembre : 3860 (9461) [-59%] => -800 => 9022 {35%}
13 novembre : 14646 (10824) [35%] => 546 => 9568 {34%}
14 novembre : 12496 (9308) [34%] => 455 => 10023 {32%}
15 novembre : 3241 (2197) [48%] => 149 => 10172 {33%}
16 novembre : 19778 (12476) [59%] => 1043 => 11215 {23%}
17 novembre : 20294 (11883) [71%] => 1202 => 12417 {32%}
18 novembre : 20366 (12603) [62%] => 1109 => 13526 {38%}
19 novembre : 21220 (3860) [450%] => 2480 => 16006 {77%}
20 novembre : 22678 (14646) [55%] => 1147 => 17153 {79%}
21 novembre : 19749 (12496) [58%] => 1036 => 18189 {81%}
22 novembre : 5266 (3241) [62%] => 289 => 18479 {82%}
23 novembre : 30454 (19778) [54%] => 1525 => 20004 {78%}
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1525 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 1757 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1871 => 29297 {61%}