Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences

oula !
https://www.20minutes.fr/sport/3184607-20211129-coronavirus-portugal-premiers-cas-variant-omicron-detectes-parmi-footballeurs-club-belenenses
On a donc notre premier "gros cluster" en Europe.

Je m'attendais a ce que ce variant ne nous ennuie pas vraiment d'ici la mi-janvier, mais la je me demande si on ne va pas être embêté dès décembre.

Marc Gozlan fait le point (en Français) sur le variant Omicron et rappelle des cas de mutations du SARS-COV-2 chez des immunodéprimés :
https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/11/29/covid-19-ce-quon-sait-et-ce-quon-ignore-sur-le-nouveau-variant-omicron-b-1-1-529/

C'est quand même un peu flippant l'étude avec le SARS-COV-2 (à 20 mutations) de synthèse qui a réussi à totalement échapper à l'immunité acquise par le vaccin.

Bon, je pensais faire un update du suivi des cas en Afrique du sud, je vais pas le faire.
ça grimpe tellement aujourd'hui qu'il est possible que les données intègrent un biais.
on va attendre demain soir.

J'ai regardé les taux de positivité en AS . Début novembre ils étaient aux alentours de 1%, ils sont maintenant de l'ordre de 10%.
Passer de un test sur 100 positif a un test sur 10 en 4 semaines, c'est assez étonnant.

Date - Nbre de cas (Nbre de cas à J-7) [Evolution / J-7]=> Evolution de la moyenne => Nouvelle moyenne {Evolution / J-7}

30 octobre : 7360 (6291) [17%] => 153 => 5669 {11%}
31 octobre : 6329 (5005) [26%] => 189 => 5858 {11%}
1er novembre : 1866 (1295) [44%] => 82 => 5940 {12%}
2 novembre : 2039 (6603) [-69%] => -652 => 6288 {-2%}
3 novembre : 10050 (6528) [54%] => 503 => 5791 {6%}
4 novembre : 9502 (6461) [47%] => 434 => 6226 {13%}
5 novembre : 8998 (6433) [40%] => 366 => 6592 {21%}
6 novembre : 9605 (7360) [31%] => 321 => 6913 {26%}
7 novembre : 8547 (6329) [35%] => 317 => 7320 {29%}
8 novembre : 2197 (1866) [18%] => 47 => 7626 {28%}
9 novembre : 12476 (2039) [512%] => 1491 => 9117 {72%}
10 novembre : 11883 (10050) [18%] => 262 => 9379 {62%}
11 novembre : 12603 (9502) [33%] => 443 => 9822 {58%}
12 novembre : 3860 (9461) [-59%] => -800 => 9022 {35%}
13 novembre : 14646 (10824) [35%] => 546 => 9568 {34%}
14 novembre : 12496 (9308) [34%] => 455 => 10023 {32%}
15 novembre : 3241 (2197) [48%] => 149 => 10172 {33%}
16 novembre : 19778 (12476) [59%] => 1043 => 11215 {23%}
17 novembre : 20294 (11883) [71%] => 1202 => 12417 {32%}
18 novembre : 20366 (12603) [62%] => 1109 => 13526 {38%}
19 novembre : 21220 (3860) [450%] => 2480 => 16006 {77%}
20 novembre : 22678 (14646) [55%] => 1147 => 17153 {79%}
21 novembre : 19749 (12496) [58%] => 1036 => 18189 {81%}
22 novembre : 5266 (3241) [62%] => 289 => 18479 {82%}
23 novembre : 30454 (19778) [54%] => 1525 => 20004 {78%}
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}

Le taux de positivité doit être énorme non ?
Avec la fin des tests gratuits, je suppose que l'on test moins.

Docky a écrit:Le taux de positivité doit être énorme non ?
Avec la fin des tests gratuits, je suppose que l'on test moins.

C'est vrai que je me concentre uniquement sur le nombre de cas, mais voici une vision des autres indicateurs :
https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/infographies-covid-19-morts-hospitalisations-age-malades-l-evolution-de-l-epidemie-en-france-et-dans-le-monde-en-cartes-et-graphiques.html

Concernant le taux de positivité, il est effectivement en hausse autours de 5.5%, mais le nombre de tests augmente aussi fortement ces derniers jours.

En Belgique, nous sommes à un taux de positivité de 16 % actuellement

Helas on en revient encore et toujours a un point que je critique. Devant le caractere clusterise du nouveau variant, pour l'instant. Pourquoi ne pas mettre le paquet sur le niveau local ? Par exemple, des cas en Paca sont peut etre lie au nouveau variant. Peut etre serait-il judicieux de mettre localement en place des zones de tests ambulantes et des zones de vaccination d'urgence dans ces endroits la?

J'aurais une question FFFF
J'ai lu recemment que les vaccins a ARNm codaient la protéine spike du SARS-COV-2 intégralement (ou plutôt fournissaient à la cellule les instructions pour qu'elle la construise).
Du coup, comment un virus qui n'a que quelques ou quelques dizaines de mutation fait pour ne plus être identifié par des anticorps qui ont appris sur une protéine entière (plusieurs centaines de gènes) ?

Car un anticorps ne reconnaît pas entièrement la protéine mais juste une toute petite portion (qu'on appelle épitope)..

Une protéine est une assemblage d'acides aminés, pour la protéine spike c'est 1200 acides aminés. Mais un anticorps n'en reconnaît qu'entre 10 à 20 acides aminés.

Ensuite évidemment les anticorps peuvent collaborer entre eux. Immuniser contre la protéine spike ne va pas engendrée qu'un type d'anticorps unique ke reconnaissant qu'une portion de la protéine, mais va générer une multitude d'anticorps différents reconnaissant plusieurs régions de la protéine. Cependant toutes les régions ne seront pas reconnues car uniquement certaines d'entre elles sont dites immunogeniques.

De plus ce n'est pas qu'une question de séquence, c'est aussi une question de forme. Une mutation peut changer la forme d'une portion d'une protéine de manière relativement étendue et donc impacter des epitopes assez distant de la dite mutation.

Merci beaucoup.
ça m'avance assez pour chercher de la doc et revenir avec d'autres questions.

Date - Nbre de cas (Nbre de cas à J-7) [Evolution / J-7]=> Evolution de la moyenne => Nouvelle moyenne {Evolution / J-7}

31 octobre : 6329 (5005) [26%] => 189 => 5858 {11%}
1er novembre : 1866 (1295) [44%] => 82 => 5940 {12%}
2 novembre : 2039 (6603) [-69%] => -652 => 6288 {-2%}
3 novembre : 10050 (6528) [54%] => 503 => 5791 {6%}
4 novembre : 9502 (6461) [47%] => 434 => 6226 {13%}
5 novembre : 8998 (6433) [40%] => 366 => 6592 {21%}
6 novembre : 9605 (7360) [31%] => 321 => 6913 {26%}
7 novembre : 8547 (6329) [35%] => 317 => 7320 {29%}
8 novembre : 2197 (1866) [18%] => 47 => 7626 {28%}
9 novembre : 12476 (2039) [512%] => 1491 => 9117 {72%}
10 novembre : 11883 (10050) [18%] => 262 => 9379 {62%}
11 novembre : 12603 (9502) [33%] => 443 => 9822 {58%}
12 novembre : 3860 (9461) [-59%] => -800 => 9022 {35%}
13 novembre : 14646 (10824) [35%] => 546 => 9568 {34%}
14 novembre : 12496 (9308) [34%] => 455 => 10023 {32%}
15 novembre : 3241 (2197) [48%] => 149 => 10172 {33%}
16 novembre : 19778 (12476) [59%] => 1043 => 11215 {23%}
17 novembre : 20294 (11883) [71%] => 1202 => 12417 {32%}
18 novembre : 20366 (12603) [62%] => 1109 => 13526 {38%}
19 novembre : 21220 (3860) [450%] => 2480 => 16006 {77%}
20 novembre : 22678 (14646) [55%] => 1147 => 17153 {79%}
21 novembre : 19749 (12496) [58%] => 1036 => 18189 {81%}
22 novembre : 5266 (3241) [62%] => 289 => 18479 {82%}
23 novembre : 30454 (19778) [54%] => 1525 => 20004 {78%}
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}

On a déjà dépassé le niveau de la vague précédente (4ème), mais on est bien parti pour dépasser également le niveau de la 3ème d'ici la fin de la semaine...
=> le mercredi 14/04/2021 : 42225 cas moyen sur une semaine

Et au rythme actuel (+55% / semaine), on dépasserait aussi le niveau de la 2ème vague, moins d'une semaine plus tard  
=> le samedi 07/11/2020 : 54440 cas moyen sur une semaine

Je viens de tomber sur un article disant que d'après un immunologue, le variant omicron serait une bonne nouvelle, car il est certes plus contagieux, mais moins agressif.
Le fait qu'il dépasse le delta pourrait donc soulager tous les systèmes de santé mondiaux.
Il termine quand même sur une note pessimiste comme quoi ça durerait encore de nombreuses années, mais sous des formes de plus en plus légères.

https://www.ladepeche.fr/2021/12/01/covid-19-la-decouverte-du-variant-omicron-la-lumiere-au-bout-du-tunnel-selon-un-immunologue-9963287.php

Que pense notre spécialiste FFFF de cette théorie ?

Sauf erreur de ma part, on a encore aucune idée de s'il est plus ou moins agressif. On manque de recul (le temps que les personnes à risques soient infectés, puis hospitalisées, et pas seulement des jeunes). Malheureusement c'était aussi la prédiction d'un célèbre Marseillais à propos de Delta (il s'est évidemment gourré).

Supposons un instant qu'il soit effectivement moins virulent, mais bien plus contagieux. J'ai aussi l'impression qu'alors faire exploser les contaminations va à nouveau nous faire jouer à la roulette russe de la sélection d'un nouveau variant.

Nini a écrit:
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}

L'impression d'un léger ralentissement de la hausse. Le renversement de tendance n'est pas pour demain, mais à l'horizon 10 ou 15 jours, ça me semble pas utopique d'avoir à nouveau du vert.

En tout cas, en Europe de l'est/centrale, c'est plutôt en baisse. Et l'Allemagne semble sur le point d'atteindre son pic (qui est de presque 60 000 cas/jour, alors que le record de l'Allemagne jusqu'à présent était autour de 25 000 cas/jour en décembre 2020).

Nini a écrit:
Que pense notre spécialiste FFFF de cette théorie ?

Je ne suis pas FFFF, mais pour l'instant, les spécialistes disent qu'il est urgent d'attendre.

Les histoires de virulence moindre du variant Omicron, ça vient d'un médecin sud-africain, qui se base sur un panel réduit de patients, tous relativement jeunes.

Pareil, j'ai vu passer un tweet rassurant (venant d'Israel je crois) qui concluait au fait que le Pfizer perdait peu en efficacité avec le variant Omicron, mais là encore, basé uniquement sur quelques cas.

Bref, pour l'instant, on ne sait pas grand chose. Ni sur sa contagiosité (même si elle semble élevée, il va falloir confirmer sur le long terme), ni sur sa virulence, ni sur sa capacité à échapper au vaccin.

Satoru a écrit:

Nini a écrit:
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}

L'impression d'un léger ralentissement de la hausse. Le renversement de tendance n'est pas pour demain, mais à l'horizon 10 ou 15 jours, ça me semble pas utopique d'avoir à nouveau du vert.

En tout cas, en Europe de l'est/centrale, c'est plutôt en baisse. Et l'Allemagne semble sur le point d'atteindre son pic (qui est de presque 60 000 cas/jour, alors que le record de l'Allemagne jusqu'à présent était autour de 25 000 cas/jour en décembre 2020).

J'attendais également le chiffre du début de semaine pour voir la nouvelle tendance... C'est plutôt positif de partir sur une hausse plus faible que la semaine précédente, mais j'attends de voir encore toute la semaine, avant d'en tirer une conclusion

Satoru a écrit:

Nini a écrit:
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}

L'impression d'un léger ralentissement de la hausse. Le renversement de tendance n'est pas pour demain, mais à l'horizon 10 ou 15 jours, ça me semble pas utopique d'avoir à nouveau du vert.

En tout cas, en Europe de l'est/centrale, c'est plutôt en baisse. Et l'Allemagne semble sur le point d'atteindre son pic (qui est de presque 60 000 cas/jour, alors que le record de l'Allemagne jusqu'à présent était autour de 25 000 cas/jour en décembre 2020).

Il est aussi possible que l'on commence a atteindre les limites des capacités de test.

Ce qui est rassurant dans le cas de la France, c'est de regarder la courbe des décès.

La vague de juillet y est quasiment invisible. De même que la vague actuelle. Alors bien sur, il faut tenir compte du décalage habituel de 8 ou 10 jours entre les cas et les décès. Et vu que depuis 10 jours, le nombre de cas a doublé, ça va se répercuter sur les décès.

Il n'empêche qu'on voit l'effet protecteur du vaccin, qui à niveau de circulation égal fait que la situation était catastrophique l'an dernier, et qu'elle est tenable en ce moment.

Satoru a écrit:

Nini a écrit:
Que pense notre spécialiste FFFF de cette théorie ?

Je ne suis pas FFFF, mais pour l'instant, les spécialistes disent qu'il est urgent d'attendre.

Les histoires de virulence moindre du variant Omicron, ça vient d'un médecin sud-africain, qui se base sur un panel réduit de patients, tous relativement jeunes.

Pareil, j'ai vu passer un tweet rassurant (venant d'Israel je crois) qui concluait au fait que le Pfizer perdait peu en efficacité avec le variant Omicron, mais là encore, basé uniquement sur quelques cas.

Bref, pour l'instant, on ne sait pas grand chose. Ni sur sa contagiosité (même si elle semble élevée, il va falloir confirmer sur le long terme), ni sur sa virulence, ni sur sa capacité à échapper au vaccin.

Oui on en sait absolument rien.
Je continue pour ma part à faire le suivi de ce qui se passe en afrique du sud, et j'en suis maintenant a deux semaines pour lesquelles le facteur de réplication effectif évolue entre 4 et 5 dans la région de Gauteng, c'est très différent des autres régions (qui comportent aussi de grandes villes et qui s'étaient comportées quasiment comme Gauteng dans le passé).

Maintenant ce qu'il est important de déterminer, c'est si cette contagiosité exceptionnelle (je dirais qu'elle dépasse tout ce qu'on aurais osé prédire) est provoquée par un virus beaucoup plus contagieux, un virus qui contourne toute l'immunité acquise, ou un peu des deux. La bonne nouvelle pour nous serait un truc hyper contagieux mais qui ne contournerais pas totalement l'immunité acquise.
Pour l'instant, on en sait rien.
On en saura un peu plus quand pfizer et moderna vont publier les résultats de tests sur sérum de vaccinés ou guéris, c'est prévu pour la fin de la semaine prochaine.
Quand en a la mortalité a Gauteng, elle a commencé a décoller.

oxythan a écrit:

Satoru a écrit:

Nini a écrit:
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}

L'impression d'un léger ralentissement de la hausse. Le renversement de tendance n'est pas pour demain, mais à l'horizon 10 ou 15 jours, ça me semble pas utopique d'avoir à nouveau du vert.

En tout cas, en Europe de l'est/centrale, c'est plutôt en baisse. Et l'Allemagne semble sur le point d'atteindre son pic (qui est de presque 60 000 cas/jour, alors que le record de l'Allemagne jusqu'à présent était autour de 25 000 cas/jour en décembre 2020).

Il est aussi possible que l'on commence a atteindre les limites des capacités de test.

On a déjà plus testé qu'actuellement.

Satoru a écrit:Ce qui est rassurant dans le cas de la France, c'est de regarder la courbe des décès.

La vague de juillet y est quasiment invisible. De même que la vague actuelle. Alors bien sur, il faut tenir compte du décalage habituel de 8 ou 10 jours entre les cas et les décès. Et vu que depuis 10 jours, le nombre de cas a doublé, ça va se répercuter sur les décès.

Il n'empêche qu'on voit l'effet protecteur du vaccin, qui à niveau de circulation égal fait que la situation était catastrophique l'an dernier, et qu'elle est tenable en ce moment.

Oui, sans vaccins et a niveau de circulation équivalent on tournerais entre 500 et 1000 morts par jours. D'ailleurs les politiques n'auraient pas laissé un tel niveau de contamination s'installer "durablement", on serait certainement confinés.

Satoru a écrit:

oxythan a écrit:

Satoru a écrit:

Il est aussi possible que l'on commence a atteindre les limites des capacités de test.

On a déjà plus testé qu'actuellement.

Les capacités sont locales.
Si il y a un très grosse incidence concentrée sur une petite surface du pays, ça va saturer.
On l'a bien vu sur Grenoble, l'incidence est restée bloquée aux alentours de 1000 pendant 2 semaines a l'automne 2020 et il fallait au minimum 5 jours pour avoir un créneau de test. Quand on en avait un, car dans pas mal de cas les labos nous envoyaient bouler.

oxythan a écrit:

Satoru a écrit:

Nini a écrit:
Que pense notre spécialiste FFFF de cette théorie ?

Je ne suis pas FFFF, mais pour l'instant, les spécialistes disent qu'il est urgent d'attendre.

Les histoires de virulence moindre du variant Omicron, ça vient d'un médecin sud-africain, qui se base sur un panel réduit de patients, tous relativement jeunes.

Pareil, j'ai vu passer un tweet rassurant (venant d'Israel je crois) qui concluait au fait que le Pfizer perdait peu en efficacité avec le variant Omicron, mais là encore, basé uniquement sur quelques cas.

Bref, pour l'instant, on ne sait pas grand chose. Ni sur sa contagiosité (même si elle semble élevée, il va falloir confirmer sur le long terme), ni sur sa virulence, ni sur sa capacité à échapper au vaccin.

Oui on en sait absolument rien.
Je continue pour ma part à faire le suivi de ce qui se passe en afrique du sud, et j'en suis maintenant a deux semaines pour lesquelles le facteur de réplication effectif évolue entre 4 et 5 dans la région de Gauteng, c'est très différent des autres régions (qui comportent aussi de grandes villes et qui s'étaient comportées quasiment comme Gauteng dans le passé).

Maintenant ce qu'il est important de déterminer, c'est si cette contagiosité exceptionnelle (je dirais qu'elle dépasse tout ce qu'on aurais osé prédire) est provoquée par un virus beaucoup plus contagieux, un virus qui contourne toute l'immunité acquise, ou un peu des deux. La bonne nouvelle pour nous serait un truc hyper contagieux mais qui ne contournerais pas totalement l'immunité acquise.
Pour l'instant, on en sait rien.
On en saura un peu plus quand pfizer et moderna vont publier les résultats de tests sur sérum de vaccinés ou guéris, c'est prévu pour la fin de la semaine prochaine.
Quand en a la mortalité a  Gauteng, elle a commencé a décoller.

J'ai entendu dire que le cours des mutations, bien qu'il puisse faire augmenter la contagiosité, diminue la dangerosité du virus.

Erwee a écrit:..
J'ai entendu dire que le cours des mutations, bien qu'il puisse faire augmenter la contagiosité, diminue la dangerosité du virus.

Non ça aussi on en sait rien.
Les virus qui reviennent moins mortels en mutant sont ceux qui étaient tellement mortels que ça entravait leur diffusion, comme par exemple Ebola qui tuait en quelques dizaines de minutes, ce qui faisait que le malade n'allait pas très loin pour contaminer d'autres personnes.
Le SARS-COV-2 ne semble pas être dans ce cas, les gens étant contaminant avant d'être symptomatiques et encore longtemps avant d'être agonisants, l'évolution n'a pas de raison de le pousser vers moins de mortalité. Cela ne veut pas dire pour autant qu'il est impossible qu'il soit moins mortel, mais ça tiendrais plus du coup de bol que du procédé évolutif "attendu".
Au mieux si une version très peu mortelle s'installait on relâcherai les mesures et elle pourrais devenir dominante, mais pour cela la sélection doit se faire en nous incluant, ce qui n'est pas le cas ici.