Topic sciences ( topic primordial mais tout le monde s'en fout)

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Message par Souti Jeu Déc 02, 2010 9:29 pm

"Non seulement la bactérie prospère, mais sous nos yeux on l'a vu intégrer l'arsenic à ses cellules, à sa biochimie, et d'une certaine manière, à son ADN"

C'est bien ce qui me semblait.

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2010 9:35 pm

il faudrait avoir la publication de sciences pour savoir ce qui signifie ce "d'une certaine manière" plus en détails.
mais pour l'intégration a l'ADN il n'y a que 2 possibilités, soit c'est dedans, soit ça n'y est pas.

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Message par Crouzz Jeu Déc 02, 2010 9:36 pm

je peux chercher sur les sites concernés, j'ai quelques inscriptions ici
t'aurais des auteurs ou un mot clé? mrgreen

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2010 9:54 pm

Crouzz a écrit:je peux chercher sur les sites concernés, j'ai quelques inscriptions ici
t'aurais des auteurs ou un mot clé? mrgreen

la responsable de l'étude est Felisa Wolfe-Simon
Je ne sais pas si ils ont fait un papier avant la publication dans Siences.

Donc si tu trouve quelque chose fais nous en profiter Smile (au boulot on a des abonnements pour les publications.. mais au boulot j'ai pas le temps d'en profiter Sad ).

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Message par Crouzz Jeu Déc 02, 2010 9:57 pm

non, en première recherche, j'ai que ça de récent (un an)

A Novel Photosynthetic Strategy for Adaptation to Low Iron Environments

on trouve souvent les articles sur sciencedirect deux-trois mois avant leur publication, dans des versions non mises en forme.

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Message par Souti Jeu Déc 02, 2010 10:08 pm

oxythan a écrit:il faudrait avoir la publication de sciences pour savoir ce qui signifie ce "d'une certaine manière" plus en détails.
mais pour l'intégration a l'ADN il n'y a que 2 possibilités, soit c'est dedans, soit ça n'y est pas.

Si ok. "dans" semble correct même si c'est plus en périphérie en fait. Wink

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Message par Gabriel Jeu Déc 02, 2010 10:13 pm

J'ai du mal à croire qu'Elsevier pourra mettre un tel article sur Science Direct, même plusieurs mois après.

A mon avis ça va passer à la moulinette ailleurs exceptionnellement.
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Message par Crouzz Jeu Déc 02, 2010 10:18 pm

oh, j'ai tenté le premier site que j'avais sous la main mrgreen

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Message par Gabriel Jeu Déc 02, 2010 10:18 pm

En tout cas on peut dire sans trop de crainte que le facteur d'impact du papelard de la miss va battre tous les records dans 2-3 ans mrgreen
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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2010 10:22 pm

j'ai lu le descriptif de l'expérience.
ils ont donc enfermé ces bactéries dans une bouteille remplie quasie-exclusivement d'arsenic (et de très peu de phosphore).

ils ont laissé mijoter.

et ce qu'ils ont récupéré c'est beaucoup de bactéries (elles ont proliféré), et donc pour se répliquer elles ont forcément emprunté au millieu de la matière.. et cette matière est de l'arsenic.

D'un coté je trouve ça assez impressionnant, car au fond ces bactéries ne se sont pas limitées a muter génétiquement... elles ont carrément modifié le type d'écriture même de leurs gènes (en substituant le phosphore), pour créer une nouvelle forme de vie.

Mais d'un autre coté, je remarque qu'elles ont muté et donc qu'il est possible, dans certaines conditions d'arriver à cette adaptation en partant d'un ADN classique (c'est a dire intégrant au moins partiellement du phosphore) .. ce qui ne va pas dans le sens d'une vie créer 2 fois sur terre..

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Message par Gus Jeu Déc 02, 2010 10:43 pm

oxythan a écrit:
Mais d'un autre coté, je remarque qu'elles ont muté et donc qu'il est possible, dans certaines conditions d'arriver à cette adaptation en partant d'un ADN classique (c'est a dire intégrant au moins partiellement du phosphore) .. ce qui ne va pas dans le sens d'une vie créer 2 fois sur terre..

C'est ce que j'allais dire....
Finalement il ne s'agit pas d'une nouvelle façon dont la vie pourrait se créer mais plutôt d'une mutation de la forme de vie que nous connaissons déjà. Pour le côté "vie extraterrestre plus probable" c'est un peu loupé.
Par contre, ça veut quand même dire que si on découvre un jour une vie extraterrestre, on pourrait avoir de grosses surprises. What a Face

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Message par FFFF Ven Déc 03, 2010 12:35 am

Souti a écrit:du phosphore ou de l'arsenic dans l'adn ???
L'ADN on trouve du "phosphate" PO4 3-. Un atome de phosphore entouré par 4 atomes d'oxygène, ancrés directement au sucre que compose l'ADN.

PS : ADN = Assemblage de nucléotide. Et Un nucléotide = Un phosphate + Un sucre + Une base azotée

Bref si tu n'as pas le temps de tout lire la suite. Je pense que c'est la molécule d'Arsenate qui est importante et qui se remplace à la molécule de Phosphate... comme lorsque tu remplace une pièce d'un légo par un autre.



Mais ce n'est pas tant dans l'ADN que c'est important. Dans nos cellules le phosphate est important dans tout ce qui est activation de voies biochimiques en TOUT genre... pour ne pas dire tout simplement dans toutes nos fonctions.
Car simplement comme un interrupteur, nos cellules contrôlent les fonctions biologiques en "allumé" ou "éteint". Or cet interrupteur est très souvent l'ajout de cet ion phosphate aux molécules. Ajout qui active ou inactive la molécule pour qu'elle puisse faire ce qu'elle a à faire ou arrêter de le faire.

Par contre je n'ai lu que ce que la presse TRES généraliste exprime. Et lorsque je lis : "Ils sont allés chercher des bactéries dans un environnement extrême, le lac Mono, en Californie, très concentré en arsenic. Ils les ont ensuite placés dans un milieu dépourvu de phosphore pour les forcer à utiliser l'arsenic comme brique élémentaire"

Il y a beaucoup de choses qui me choquent. Non pas dans les expériences, mais dans les conclusions prises : Ils ont fait ce qu'on appelle des test In Vitro. En d'autre terme : Ils ont enlevé la cellule de son milieu naturel, puis plonger dans un milieu de test et on vu ce qu'il s'est passé.
C'est un résultat important en soi. Mais avant d'avoir un retentissement si énorme, encore faut-il faire les test "In vivo"... en d'autre terme, voir si ça se passe ainsi dans son environnement normal...

Mais bon je pense que comme moi, ils ont leurs petite idée du comment ça fonctionne. Le phosphore dans l'organisme, comme je l'ai dit, est sous forme H3PO4 ou PO4 3-. L'Arsenic et le Phosphore ont les mêmes propriété.
Et donc au lieu de former du PO4 3-, sans doute que les cellules forme le AsO4 3- où As = Arsenic, c'est à dire de l'Arsenate : http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenate

Et ce n'est pas l'Arsenic qui est important, mais la conformation de la molécule qui en résulterait et qui pourrait permettre de faire les mêmes liaisons que le Phosphate et donc le mimer.


Voilà mon hypothèse, sans avoir lu le papier. Et c'est motiver par le fait que chez l'homme, l'arsenate prend la place du phosphate dans l'ATP : molécule dîte énergétique, et n'a pas exactement les mêmes propriétés.
Du coup j'aimerais bien savoir si ces organismes sont liés à la respi sous oxygène de manière stricte.

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Message par Dark Ven Déc 03, 2010 11:59 am

D'après mes cours de chimie lors de mon BTS, ce qui est surtout important au point de vue chimique, c'est que les atomes et les molécules entre l'ADN(structure hélicoïdale composé d'un acide, d'un sucre et de 4 bases azotées) et l'arsenic(As2O3) puisse s'assembler pour fonctionner ensemble.

Si chimiquement, ça peut s'associer, alors ça peut fonctionner et la bactérie peut muter et survivre via la modification de son ADN, en gros c'est ça.

Après bon, on peut tout essayer, mettre des bactéries dans de l'acide sulfurique ou nitrique, peut être que ça mutera aussi ou qu'elles mourront toutes je sais pas...

Faut savoir qu'une bactérie(enfin...certaines) c'est très résistant, il y en a même qui se transforment en spore(sa forme de résistance) comme Clostridium Botulinum(bactérie du botulisme) et peuvent ainsi résister à des températures supérieures à 100°C, d'où la stérilisation à 120°C des conserves pendant un temps suffisant pour détruire les spores.
Elles peuvent aussi résister à des températures proches du zéro absolu(-273.15°C) pendant très longtemps, et bien sûr elles peuvent muter et résister à des antibiotiques ou même à des environnements hostiles comme la présence d'Arsenic ou autre.

On n'imagine pas à quel point c'est résistant ces petites bêtes!
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Message par Invité Ven Déc 03, 2010 12:09 pm

Dark a écrit:D'après mes cours de chimie lors de mon BTS, ce qui est surtout important au point de vue chimique, c'est que les atomes et les molécules entre l'ADN(structure hélicoïdale composé d'un acide, d'un sucre et de 4 bases azotées) et l'arsenic(As2O3) puisse s'assembler pour fonctionner ensemble.

Si chimiquement, ça peut s'associer, alors ça peut fonctionner et la bactérie peut muter et survivre via la modification de son ADN, en gros c'est ça.

Après bon, on peut tout essayer, mettre des bactéries dans de l'acide sulfurique ou nitrique, peut être que ça mutera aussi ou qu'elles mourront toutes je sais pas...

Faut savoir qu'une bactérie(enfin...certaines) c'est très résistant, il y en a même qui se transforment en spore(sa forme de résistance) comme Clostridium Botulinum(bactérie du botulisme) et peuvent ainsi résister à des températures supérieures à 100°C, d'où la stérilisation à 120°C des conserves pendant un temps suffisant pour détruire les spores.
Elles peuvent aussi résister à des températures proches du zéro absolu(-273.15°C) pendant très longtemps, et bien sûr elles peuvent muter et résister à des antibiotiques ou même à des environnements hostiles comme la présence d'Arsenic ou autre.

On n'imagine pas à quel point c'est résistant ces petites bêtes!

Je ne suis pas très calé en sciences, mais nous sommes en quelque sorte l'évolution d'une forme de vie unicellulaire, autrement dit d'une bactérie en quelque sorte.

Autrement dit, on pourrait supposer que la vie et son évolution pourrait prendre des chemins très différents en fonction des propriétés et particularités de la forme de vie unicellulaire originelle?

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Message par Dark Ven Déc 03, 2010 12:29 pm

Oui, on peut toujours supposer qu'une bactérie peut vivre (presque) n'importe où, enfin pas dans le soleil quand même, même la thermorésistance des bactéries à des limites!

Donc, la vie peut se développer (presque) n'importe où, enfin...en théorie en tout cas, parce que s'il lui manque l'eau c'est plus compliqué, le manque d'air ça va encore il existe des bactéries anaérobie qui vivent sans air.

Donc, oui on pourrait arriver à rencontrer des formes de vie très différentes, reste à savoir jusqu'à quel point et où se situe la limite d'adaptation de la vie qu'elle qu'elle soit, après l'évolution vers la vie multi-cellulaire c'est plus compliqué.

Mais sérieusement, certaines bactéries résistent à des terrains hostiles là où toute autre forme de vie disparaît.

Après bon, t'as mis en gras ma phrase, sache quand même que je ne pense pas qu'une bactérie,même sous forme de spore, puisse survivre longtemps dans de l'acide sulfurique, ,nitrique, de la soude ou autre truc extrême.

Peut être que si tu les mets dans un milieu difficile mais pas extrême avec des nutriments mais une quantité pas trop forte d'acide, tu pourrais développer une résistance de la bactérie à cet acide ou base, après tout les bactéries arrivent même à résister aux antibiotiques qui pourtant les tue en temps normal, la mutation ça peut aller loin.
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Message par Gabriel Ven Déc 03, 2010 1:42 pm

Un jour, on aura une encyclopédie qui répertoriera l'infinité de formes de vies qu'on va rencontrer dans l'univers, excitiiiiiiiiiiiiiiiing Very Happy
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Message par Crouzz Ven Déc 03, 2010 1:49 pm

tu joues trop à Mass Effect :ugeek:

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Message par Dark Ven Déc 03, 2010 2:01 pm

Gabriel a écrit:Un jour, on aura une encyclopédie qui répertoriera l'infinité de formes de vies qu'on va rencontrer dans l'univers, excitiiiiiiiiiiiiiiiing Very Happy

Pas sûr toutefois qu'on explore de la vie extra-terrestre dans les 50 ans à venir, plus tard ce sera un peu trop tard pour nous! mrgreen


Dernière édition par Dark le Ven Déc 03, 2010 2:02 pm, édité 1 fois
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Message par Invité Ven Déc 03, 2010 2:02 pm

Dark a écrit:
Gabriel a écrit:Un jour, on aura une encyclopédie qui répertoriera l'infinité de formes de vies qu'on va rencontrer dans l'univers, excitiiiiiiiiiiiiiiiing Very Happy

Pas sûr toutefois qu'on explore de la vie extra-terrestre dans les 50 ans à venir, aprce qu'après ce sera un peu trop tard pour nous! Topic sciences ( topic primordial mais tout le monde s'en fout) - Page 9 474905

Malheureusement Sad

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Message par FFFF Ven Déc 03, 2010 7:04 pm

Dark a écrit:D'après mes cours de chimie lors de mon BTS, ce qui est surtout important au point de vue chimique, c'est que les atomes et les molécules entre l'ADN(structure hélicoïdale composé d'un acide, d'un sucre et de 4 bases azotées) et l'arsenic(As2O3) puisse s'assembler pour fonctionner ensemble.
Si tu remplace le Phosphate PO4- par de l'AS2O3 ben ce n'est pas possible. Tu veux remplacer un diphosphate par cette molécule, mais tu n'auras pas assez de résidus oxygène pour créer le liaison qui remplace la liaison phosphodiester (enfin je pense que la conformation chimique ne sera pas la même).

Je pense que plus que l'As2O3 c'est plutôt l'AsO4 pour Arsenate qui est en remplacement du phosphate.

Voilà un nucléotide :
Topic sciences ( topic primordial mais tout le monde s'en fout) - Page 9 Nucleotide3_big
Et ensuite comment les nucléotides s'assemblent pour former une chaine qui formera un des deux brins de l'ADN
Topic sciences ( topic primordial mais tout le monde s'en fout) - Page 9 Nucleotide

Le Phosphate est là pour relier les nucléosides successifs. Concrêtement, le nucléotide est "tri" phosphate à l'état libre et la séparation des phosphates 1, 2 libère de l'énergie suffisant pour créer la liaison phosphodester, cad celle qui relie les nucléotides entre eux.

Et voilà la forme de l'Arsenate
Topic sciences ( topic primordial mais tout le monde s'en fout) - Page 9 15584-04-0

Etrange la similitude avec le phosphate. Et donc de cette similitude créé la substitution avec ce dernier. Et pour l'instant moi, ce que j'aimerai savoir c'est : Comment la cellule fait pour passer outre l'effet toxique de l'Arsenic (car bien qu'il soit possible qu'il s'insère à la place du Phosphate.... c'est le cas dans nos cellules, le fait qu'il n'a pas les mêmes propriétés fait qu'il ne peut jouer le rôle du phosphate et donc les cellules n'aiment pas du tout ça).

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Message par Souti Ven Déc 03, 2010 7:31 pm

Merci FFFF pour tous ces rappels sur le rôle des phosphates.

J'avais quand même fini par comprendre qu'il s'agissait des phosphates et du remplacement du phosphore par l'arsenic alors que présenté comme ça l'était j'imaginais du phosphore ou de l'arsenic dans la chaine d'ADN.

Je rejoins assez ton questionnement sur l'importance de cette expérience et non découverte. A mon sens ils ont "forcé" la bactérie à utiliser une molécule naturellement rare sachant très bien que le résultat était possible et déjà probablement existant dans la nature.
J'aurai été plus épaté s'il s'était agit de silicium à la place du carbone.

M'enfin ce n'est que mon avis.








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Message par FFFF Ven Déc 03, 2010 7:34 pm

Le phosphate est tout de même partie intégrante de l'ADN et donc par extension l'élément phosphore.

Sinon pour l'expérience en elle même j'avoue que je n'ai lu que ce que la presse quotidienne rapporte Embarassed

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Message par FFFF Ven Déc 03, 2010 7:37 pm

Voilà l'article : http://www.sciencemag.org/content/early/2010/12/01/science.1197258.abstract

Bon c'est payant... je vais utiliser mes idenifiants INSERM ou de la fac pour pouvoir y jeter un oeil

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Message par Crouzz Ven Déc 03, 2010 7:41 pm

j'ai accés à l'article complet ici.

euh, c'est légal que je vous le refile? Embarassed

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Message par FFFF Ven Déc 03, 2010 7:43 pm

Non crouzz mrgreen

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